Para el cumplimiento de sus fines, la Fundación cuenta con una dirección y cinco unidades básicas.

Dirección General
Al frente de la Dirección de la Fundación desde Septiembre de 2008 está Dª. María Artola González.

Oficina de Transferencia de Resultados de la Investigación (OTRI).
Tiene entre sus funciones básicas la promoción y gestión de la investigación, el apoyo al desarrollo tecnológico y la innovación(I+D+i), así como reforzar las relaciones de la Universidad con su entorno (empresas, instituciones y sociedad), al amparo del artículo 83 de la Ley Orgánica de Universidades.

Unidad de Formación Continua y Actividades Culturales.
Tiene entre sus funciones básicas la promoción, el asesoramiento y el apoyo logístico en formación continua, la formación y prácticas de estudiantes en empresas, así como la gestión del centro “La Cristalera” y la gestión económico-financiera de centros, residencias y actividades culturales.

Unidad de Recursos Humanos, Calidad y Secretaría Técnica.
Tiene entre sus funciones básicas la gestión de la Organización, los recursos humanos,  las relaciones laborales, la prevención de riesgos laborales y la planificación, el desarrollo y el seguimiento de la calidad.

Unidad Económica e informática.
Tiene entre sus funciones básicas la gestión económica de los proyectos docentes y de investigación gestionados por la FUAM y la supervisión y planificación asuntos informáticos de la Fundación.